Pesquisadores da UBC e AWS se unem para descobrir novas cepas de vírus RNA

Nuvem pode ajudar a reconhecer infecções mais rapidamente e evitar futuras pandemias

Pesquisadores da Universidade da Colúmbia Britânica descobriram uma nova maneira de descobrir rapidamente novas cepas de vírus de RNA usando o Cloud Innovation Center da Amazon Web Services (AWS) para analisar dados brutos de sequências de DNA/RAW de bancos de dados de sequenciamento públicos. Isso pode ajudar a reconhecer infecções mais rapidamente, evitando futuras pandemias. 

Artem Babaian, o principal pesquisador por trás do Projeto Serratus, que possui doutorado em genética médica e atualmente está trabalhando em seu pós-doutorado, estava realizando pesquisas genéticas sobre o câncer antes da pandemia. Ele já estava trabalhando com a AWS para seu projeto sobre genética do câncer. 

Quando o início da pandemia ocorreu em março de 2020, Babaian e seu amigo, o estudante de engenharia da UBC Jeff Taylor, também autor do trabalho de pesquisa sobre Serratus, surgiu com um “esboço de guardanapo de volta”. para uma arquitetura de computação na AWS que queríamos implementar.” 

A dupla logo percebeu que esse plano também poderia ser usado não apenas na pesquisa genética do câncer, mas para tentar identificar os coronavírus em bancos de dados públicos. O banco de dados, chamado Sequence Read Archive (SRA), contém dados de pesquisa genômica global de artigos publicados nos últimos 13 a 14 anos.  

“Então, os dados estão explodindo rapidamente, a maior limitação para olhar os dados da comunidade global é a rapidez com que você pode lê-los”, disse Babaian. Felizmente, a AWS e os Institutos Nacionais de Saúde (NIH) iniciaram um projeto de infraestrutura gigante chamado STRIDES e copiaram todos os dados para o AWS S3, um serviço de armazenamento de objetos em nuvem, onde podem ser lidos rapidamente.

Usando esse banco de dados, Babaian e sua equipe decidiram que trabalhariam com o UBC Cloud Innovation Center para descobrir coronavírus desconhecidos e talvez evitar outra pandemia.

O Cloud Innovation Center é um programa global da AWS que trabalha com instituições acadêmicas para projetos colaborativos. O UBC Cloud Innovation Center lançou o projeto Open Virome , uma iniciativa global liderada por Babaian, que visa evitar futuras pandemias, identificando centenas de milhares de vírus anteriormente desconhecidos.

“Ele (Babaian) tinha essa hipótese de que, olhando para esse conjunto de dados muito grande que havia sido disponibilizado recentemente como código aberto, tão disponível para qualquer pessoa na AWS, poderíamos construir alguma forma de arquitetura que permitiria que eles começassem a analisar esse conjunto de dados e ver se podemos realmente começar a descobrir novas cepas de coronavírus”, disse Coral Kennett, do Cloud Innovation Center.

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Fonte: ItWorldCanada

Imagem: Unsplash