AWS anuncia disponibilidade geral do Amazon Genomics CLI

AWS anuncia disponibilidade geral do Amazon Genomics CLI

O objetivo da gigante de cloud com o Amazon Genomics CLI é remover o trabalho pesado de configurar e executar fluxos de trabalho do genomics na nuvem

O Amazon Genomics CLI é uma ferramenta que torna mais fácil processar dados genômicos em uma escala de petabyte na Amazon Web Services (AWS). No início de 2021, o fornecedor de nuvem pública compartilhou uma prévia da ferramenta, que agora é de código aberto e está geralmente disponível. 

O objetivo da gigante de cloud com o Amazon Genomics CLI é remover o trabalho pesado de configurar e executar fluxos de trabalho do genomics na nuvem, permitindo que os desenvolvedores de software e pesquisadores provisionem, configurem e escalonem automaticamente os recursos da nuvem.

Em geral, o sequenciamento de genomas gera muitos dados. Por exemplo, o genoma humano é composto por mais de 3 bilhões de letras de código. Portanto, analisar a sequência de uma ou mais pessoas para rastrear doenças infecciosas, patógenos alimentares e toxinas requer que várias ferramentas sejam orquestradas como uma sequência específica de etapas ou um fluxo de trabalho. 

Com o Amazon Genomics CLI, os usuários podem executar fluxos de trabalho escritos em uma linguagem como WDL com infraestrutura otimizada na AWS. Além disso, os fluxos de trabalho são executados em um ou mais chamados contextos. Danilo Poccia, evangelista chefe da AWS, explica em uma postagem do blog o conceito de contexto: “Um contexto encapsula e automatiza tarefas demoradas para configurar e implantar mecanismos de fluxo de trabalho, criar políticas de acesso a dados e ajustar clusters de computação (gerenciados usando AWS Batch) para operação em escala.”

Um usuário pode instalar a ferramenta em seu computador e pode ativá-lo com sua conta AWS. Posteriormente, a infraestrutura central de que o Amazon Genomics CLI precisa para operar é criada, incluindo um bucket S3, uma nuvem privada virtual (VPC) e uma tabela DynamoDB. Observe que o VPC também pode ser um existente. Em seguida, o usuário pode criar um projeto ou aproveitar um projeto de amostra da instalação CLI. 

Um projeto no Amazon Genomics CLI vincula fluxos de trabalho, conjuntos de dados e os contextos usados ​​para processá-los. Depois que um projeto é implantado e os contextos estão prontos, o usuário pode executar os fluxos de trabalho. Os resultados durante a execução são armazenados nos buckets S3 e podem ser explorados usando o Amazon Genomics CLI. 

Hoje, o Amazon Genomics CLI está disponível em todas as regiões da AWS, exceto para AWS GovCloud (EUA) e regiões localizadas na China. Além disso, os clientes pagam apenas pelos recursos da AWS criados pela CLI. 

Para mais informações sobre o Amazon Genomics entre no site da AWS, na documentação, clique aqui.

Fonte: InfoQ

Imagem: AWS/Reprodução




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